L’assemblée générale de la Clinique communautaire est composée de tous les citoyennes et citoyens du quartier Pointe-Saint-Charles qui se présentent à la porte de l’assemblée générale. Chaque adulte résidant le quartier a un droit de vote après s’être inscrit comme membre de la Clinique. Les employé·e·s de la Clinique et des groupes communautaires du quartier ont le droit de parole, sans droit de vote.
L’assemblée générale se prononce sur toutes les décisions concernant les grandes orientations et les priorités d’action de la Clinique communautaire. C’est également elle qui élit le conseil d’administration de la Clinique. Cette assemblée se tient généralement à la mi-juin de chaque année.